家畜の伝染病の防疫は、家畜伝染病予防法に基づき実施されていますが、畜産情勢の変遷に対応して家畜防疫の万全を期するためには、家畜飼養者を含めた自衛防疫組織の確立が必要です。
　このため、国は、昭和４６年６月に家畜伝染病予防法の一部を改正し、「家畜の飼養者は伝染病予防のための自主的措置を実施するよう努める」ことについて新しい条文が定められました。
　その一環として、昭和４７年には都道府県毎に家畜畜産物衛生指導協会が設立され、北海道家畜畜産物衛生指導協会としては同年７月２４日に設立、昭和４８年８月２５日に社団法人として認可されました。
　協会は、畜産農家の組織化により、家畜の健康保持に関する技術指導と自衛防疫の推進をはかるとともに、畜産物の安全性と品質向上のための指導及び検査を行うことにより、畜産経営の安定向上と健全なる畜産食品の生産に貢献し、畜産の振興に寄与することを目的としています。

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